蛋白質組一詞源于蛋白質與基因組兩個詞的組合，意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。蛋白質組學本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的整體而的認識。
　　近兩年來蛋白質組研究技術已被應用到各種生命科學領域，如細胞生物學、神經生物學等。在研究對象上，覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍，涉及到各種重要的生物學現象，如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等等。在未來的發展中，蛋白質組學的研究領域將更加廣泛。
　　在應用研究方面
　　蛋白質組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標有效的方法之一。在對癌癥、早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治療方面蛋白質組技術也有十分誘人的前景，目前上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質組學方面的應用性研究。
　　在技術發展方面
　　蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存，各有優勢和局限的特點，而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外，更強調各種方法間的整合和互補，以適應不同蛋白質的不同特征。另外，蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益顯著和重要，這種交叉是新技術新方法的活水之源，特別是，蛋白質組學與其它大規模科學如基因組學，生物信息學等領域的交叉，構成組學（omics）生物技術研究方法，所呈現出的系統生物學（SystemBiology）研究模式，將成為未來生命科學令人激動的新前沿。