RAPD技術的全稱是隨機擴增多態性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA)，此技術建立于PCR基礎之上，使用一系列具有10個左右堿基的單鏈隨機引物，對基因組的DNA全部進行PCR擴增，以檢測多態性。由于整個基因組存在眾多反向重復序列，因此須對每一隨機引物單獨進行PCR，單一引物與反向重復序列結合，使重復序列之間的區域得以擴增。引物結合位點DNA序列的改變以及兩擴增位點之間DNA堿基的缺失、插入或置換均可導致擴增片段數目和長度的差異，經瓊脂糖凝膠電泳分離后通過EB染色以檢測DNA的片段的多態性。